Οι Γούβες βρίσκονται περίπου 10 χλμ ανατολικά του Ηρακλείου, και όπως μερικά άλλα χωριά στην Ελλάδα, χωρίζεται σε δύο μέρη. Δηλαδή, υπάρχει το άνω χωριό, Άνω Γούβες, και το κάτω χωριό στην ακτή, οι Κάτω Γούβες.